Los Indios Quepo eran un subgrupo de la gente de Boruca y de los hablantes Chibchas que emigraron hacia el norte de Colombia a finales del primer milenio. El gran conquistador Juan Vázquez de Coronado describió a los Quepo como "la gente más hermosa". Además de ser una tribu maravillosa, también los conocían como guerreros feroces. Se ha documentado que los Quepo "poseían oro en grandes cantidades que obtuvieron de los ríos y de los botines de las tribus caribeñas contra las cuales emprendían implacables guerras".
Durante los meses lluviosos de julio a octubre, un considerable grupo de Quepo y un chaman, probablemente femenino, ocupó las colinas costeras de Manuel Antonio cerca de Punta Quepos. El chaman vivió en la isla Magote en la boca del río Naranjo. Una cueva profunda en la isla era utilizada para ceremonias y asegurar abundantes peces en el río, desove de tortugas en las playas y buenas cosechas de perlas y de moluscos raros de los cuales hacían una hermosa tinta púrpura. La historia registrada más temprana de la presencia europea en Manuel Antonio ocurrió cerca de cinco años después de que el explorador español Balboa descubrió el océano Pacífico. El explorador Juan Ponce de León, que sería acreditado más adelante con descubrir la Florida en su búsqueda para la fuente de la juventud, finalmente logró la tarea de encontrar las orillas occidentales de Costa Rica (y posteriormente la costa de Manuel Antonio) en el año 1519. Era la estación lluviosa, y un número temible de guerreros se agruparon en la playa e invitaron osadamente a Señor y su tripulación a desembarcar con insultos, gestos y golpes de palos. Ponce de León declinó, y llegó a ser el primero de muchos en llamar a los indios Quepo "Indios Bravos". Haciendo cálculos conservadores, se estima que en ese tiempo había más de mil aborígenes, posiblemente unos quince mil, entonces, la precaución de Ponce de León era prudente. Ha sido una leyenda antigua de que hay un tesoro oculto en alguna parte en los territorios que la tribu Quepo ocupara una vez.
El famoso inglés John Clipperton quien comenzó su carrera larga e ilustre en los mares del sur a finales de los años 1600 creyó que más de 700 toneladas de oro, plata, perlas, esmeraldas y otras joyas fueron escondidas en alguna parte cerca de la Misión de San Bernardino de Quepo. La misión de San Bernardino de Quepo se cerró permanentemente en 1746 después de una rebelión que terminó con las misiones de las tierras altas del sur. En ese momento habían solo unos pocos Quepo; la mayoría había muerto como resultado de las enfermedades traídas por los europeos, la guerra con otros grupos indígenas y la esclavitud. Al poco tiempo después de 227 años de dominio español, la tribu de Quepo estaba extinta.
Desde el redescubrimiento de sitio de la misión en 1974, más que la mitad de las ruinas han sido destruidas debido al pillaje, agricultura y nueva colonización. La localización del tesoro en billones de dólares permanece todavía en un misterio.
